Settingnya adalh 14 bulan setelah prototype dan masih bertempat di NYC yang sudah dibagi menjadi 3 bagian, bagian-bagian ini mewakili seberapa besar virus blacklight(virus yang menginfeksi alex mercer di game pertama), bagian pertama/red zone adalah tempat tinggal Alex Mercer dan disana virus blacklight paling abnyak menyebar, yellow zone adalah tempat tinggal orang yang selamat dari kejadian di prototype 1 dan virus disana tumbuh dalam kecepatan minimum, greenzone adalah zona yang dijaga militer dan pertumbuhan virus disana sangat sedikit.
Protagonist game ini, sergeant James heller adalah seorang veteran dalam perang di afghanistan dan pulang ke NYC dan terkejut setelah mengetahui istri dan anaknya meninggal karena alex tanpa sengaja mengeluarkan virus blacklight pada saat menginterogasi elizabeth green(salah satu adegan di prototype 1). Marah atas hal ini Heller pun terus-menerus melakukan misi dari militer untuk menghancurkan virus blacklight. 1 demi 1 misi diselesaikan sampai akhirnya saat selesai melaksanakan suatu misi dia terluka berat, dan muncullah alex mercer, yang ternyata menaruh ketertarikan pada heller dan menginfeksi virus blacklight padanya dan menjadikannya makhluk yang sama seperti mercer!!. Akhirnya Heller memutuskan untuk membalas dendam kepada mercer atas mengubahnya menjadi monster dan membunuh keluarganya.

maaf kalo skrinsutnya dikit, TS-nya juga sedang dalam pencarian