Sebelum pertengahan September 1953, Kalimantan Timur belum memiliki satupun sekolah lanjutan atas termasuk SMA Samarinda, sehingga para siswa dari sekolah lanjutan pertama mengalami kesulitan melanjutkan ke tingkat yang lebih tinggi.

Memang bagi yang memiliki kemampuan lebih, kesulitan ini masih bisa diatasi walaupun harus pindah ke daerah lain seperti daerah-daerah di pulau Jawa, namun bagi yang mempunyai kemampuan terbatas, maka para siswa harus puas mengecap pendidikan sampai tingkat SLTP saja.

Para tokoh masyarakat mulai berpikir, bagaimana cara mewujudkan sebuah SMA di Samarinda, termasuk dimana daerah yang cocok, pengelolanya, pengajarnya, pemimpinnya dan lain-lain, sehingga dibentuklah satu tim untuk merumuskan masalah ini. Susunan tim tersebut adalah sebagai berikut:

1. Achmad Yusuf sebagai Ketua dari unsur partai politik (Masyumi)

2. Enci Burhan sebagai Sekretaris dari unsur pemerintahan

3. Enci Abdurahim sebagai Bendahara dari unsur pemerintahan

4. Aji Bambang Abdul Malik sebagai anggota dari Kepala Dinas PDK

5. Azis Samad sebagai anggota dari unsur partai politik (PNI)

6. Mardikun sebagai anggota dari unsur pendidik yang saat itu menjabat sebagai Direktur SMP.

Setelah melalui perjuangan panjang melewati berbagai rintangan dan tantangan, maka pada tanggal 14 September 1953, resmilah berdiri sebuah SMA partikelir dengan menggunakan gedung bekas asrama pelajar yang sekarang berubah menjadi SMA Negeri 1 Samarinda.

Pada mulanya berdirinya, SMA ini hanya memiliki kelas I bagian A yang dipimpin Direktur bantuan dari SMP yaitu Bapak Mardikum yang merangkap sebagai Direktur SMP, dengan waktu belajar terpaksa dilaksanakan sore hari.

Setelah 3 tahun berjalan, SMA partikelir yang berada dibawah Yayasan Dharma Bhakti ini, statusnya berubah menjadi SMA Negeri sesuai surat bernomor: 30/JSP/55 tanggal 11 Djuni 1955 yang diresmikan oleh Residen Koordinator Kalimantan Timur Datu Maju Urang, disaksikan oleh wakil Pemerintah Daerah Istimewa Kutai, Aji Pangeran Tumenggung Pranoto.

Dalam usianya yang relatif muda, SMA Samarinda ini pada lulusan yang pertama mencapai 90%, sehingga Pemerintah Daerah dengan bangga memberikan penghargaan berupa beasiswa ikatan dinas yang pada waktunya harus kembali ke Kalimantan Timur untuk mengabdikan diri demi kemajuan daerah.

Pada tahun 1960, SMA Samarinda membuka kelas filial di Tarakan. Kelas di Tarakan ini lepas dari SMA Samarinda berdasarkan Surat Keputusan Menteri P & K tanggal 30 Juli 1964 nomor: 79/SK/III dan terhitung mulai tanggal 1 Agustus 1964 menjadi SMA Negara yang berdiri sendiri baik secara organisatoris, administratif maupun di bidang teknik kependidikan. Kemudian berdasarkan Surat Keputusan Direktur Pendidikan Menengah Umum tanggal 30 Juli 1965 nomor: 18/Dirpu/1965, terhitung mulai tanggal 1 Agustus 1965, SMA Negara di Tarakan ini resmi menjadi SMA Negeri Tarakan.

Hingga saat ini telah banyak alumnus SMA Negeri 1 Samarinda yang pernah dan atau masih menduduki jabatan penting di daerah ini maupun daerah lain, bahkan pada tingkat nasional.

Dalam perjalanannya SMA Negeri 1 Samarinda selalu berupaya berbenah diri untuk mewujudkan diri sebagai sekolah yang memenuhi harapan masyarakat. Salah satu hasil kerja keras seluruh komponen sekolah ialah ditetapkannya SMA Negeri 1 Samarinda oleh Departemen Pendidikan Nasional menjadi salah satu dari 100 sekolah se-Indonesia sebagai Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional pada tahun 2005.

Demikian juga alumninya juga memiliki perhatian yang sangat tinggi terhadap pengembangan sumber daya manusia di Kalimantan Timur. Hal ini dibuktikan ketika berlangsung Reuni Akbar dan Ulang Tahun ke-40 SMA Negeri 1 Samarinda pada tahun 1993 alumni SMA Negeri 1 Samarinda membentuk YAYASAN MELATI berdasarkan Akta Notaris H. Hardjo Gunawan, S.H. Nomor 78 tanggal 15 April 1994. Dalam pasal 3 Akta Notaris tersebut disebutkan bahwa, Maksud dari Yayasan ini adalah membangun Sekolah Lanjutan Tingkat Atas “SMA UNGGUL” di Kalimantan Timur yang tujuan umumnya adalah menunjang Pendidikan Nasional, serta tujuan khususnya adalah menghasilkan keluaran pendidikan yang memiliki keunggulan dalam hal:

1. Keimanan dan ketaqwaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa

2. Nasionalisme dan patriotisme

3. Wawasan IPTEK

4. Motivasi dan komitmen untuk mencapai prestasi

5. Kepemimpinan dan kepekaan sosial

6. Disiplin yang ditunjang oleh kondisi fisik yang prima

7. Kemampuan memasuki jenjang pendidikan tinggi yang bermutu di dalam dan di luar negeri.

1. Peningkatan proses pembelajaran yang humanis.
2. Peningkatan kreativitas siswa melalui kegiatan ekstrakurikuler.
3. Peningkatan standar sarana dan prasarana yang representatif.
4. Peningkatan kerjasama berbagai pihak dalam dan luar negeri.
5. Peningkatan manajemen sekolah berbasis IT.
6. Peningkatan kultur happy in school.