Manga Iliad ini adalah manga yang menceritakan mengenai sebuah perburuan arkeologi yaitu tentang legenda mengenai benua atlantis. Cerita Manga ini dibuat dengan berdasarkan beberapa fakta seseungguhnya yang kemudian diramu dengan imajinasi dari sang mangaka.

Paul Schlieman adalah seorang peneliti arkeologi yang berusaha menemukan kota Troya berdasarkan pada puisi dari Filsuf terkenal Plato. Namun disitus tersebut, ia menemukan sebuah guci berbentuk wanita, namun dengan wajah seperti burung hantu. Paul terkejut karena dibalik guci tersebut tertulis, Kronos raja Atlantis. Ternyata penggalian kota troya menyimpan rahasia penyingkan benua legendaris, Atlantis.

DiMasa kini, William Endre adalah pemilik perusahaan ekspor Import terkenal dijerman mengumpulkan beberapa pengusaha untuk mengajukan usulan permintaan dana guna pencarian benua Atlantis. Para Pengusaha tersebut mengenakan topeng dan identitasnya hanya diketahui oleh Endre, karena ia merasakan adanya organisasi rahasia yang berusaha membunuh mereka yang terlibat terlalu jauh memburu benua atlantis. Pada rapat tersebut, Endre mengusulkan orang jepang bernama Shuzo Iriya, soerang arkeolog yang telah mengundurkan diri dari dunia arkeolog karena ia telah dipermalukan akibat tulisannya mengenai makam Raja arthur yang menurutnya telah dipindahkan oleh oknum-oknum tertentu guna sebuah upacara druid. Para peserta rapat akhirnya setuju untuk mendukung kegiatan yang diusulkan endre.

Beberapa hari kemudian Endre menemui putrinya yang bernama Yuri Endre untuk menemukan Shuzo, karena ia merasa terancam jiwanya setelah salah seorang peserta rapat tewas karena kecelakaan aneh. Endrepun akhirnya tewas saat menyelamatkan Yuri dari seorang pembunuh. Dengan kematian Endre, maka Yuri mencari Shuzo dan meyakinkannya untuk memecahkan misteri atlantis dan mengungkap organisasi rahasia yang telah membunuh banyak orang tersebut.